A Unidade de Projetos Institucionais e Captação de Recursos da CGE é responsável por identificar oportunidades de captação de recursos externos para apoiar os projetos e iniciativas do MPBA. Essa busca é realizada junto aos Poderes Executivo e Legislativo federais, visando garantir que as iniciativas do MPBA tenham acesso a fontes de financiamento que contribuam para a melhoria contínua dos serviços prestados à sociedade. 

Os recursos podem ser obtidos por meio de Emendas Parlamentares ou editais de concorrência, como os do Conselho Federal de Direitos Difusos (CFDD), vinculado ao Ministério da Justiça, e trabalhados via convênio federal. O CFDD apoia projetos relacionados a interesses difusos e coletivos, como meio ambiente, proteção ao consumidor e defesa da ordem econômica, com editais de chamamento normalmente publicados a cada dois anos. 

Tanto nas Emendas Parlamentares quanto nos editais de concorrência e chamamento, a Unidade de Projetos Institucionais e Captação de Recursos da CGE é responsável por identificar essas oportunidades e comunicar às Unidades do MPBA interessadas, garantindo que o MPBA possa aproveitar cada oportunidade de financiamento. 

Além disso, a Unidade também busca recursos externos de outras fontes, ainda que menos frequentes, para apoiar projetos de órgãos públicos. Essas oportunidades podem ser divulgadas em sites de diversos órgãos e entidades ou disseminadas por meio de comunicações internas. 

Para assegurar agilidade no atendimento às exigências dos editais e programas federais, a Unidade mantém um banco de projetos, o que permite maior eficiência no aproveitamento das oportunidades de captação de recursos.